La Región Sur del Torneo del Interior 1990-91, fue una de las seis zonas en las que se dividió la fase inicial de este torneo para equipos indirectamente afiliados a la AFA. En esta Región participaron 13 equipos, provenientes de las provincias de La Pampa, Neuquén, Río Negro, Sur de Buenos Aires, Chubut, Santa Cruz y Tierra del Fuego. El sistema de disputa, dispuso la división de la región en dos zonas: Zona Norte y Zona Sur. En la Zona Norte compitieron 8 equipos, los cuales fueron dispuestos en 2 grupos de 4 equipos cada una, de las cuales los dos ganadores de cada grupo pasaban de ronda, reagrupandose en un único grupo que definió al primer clasificado. Por su parte, en la Zona Sur se dispuso la disputa de llaves eliminatorias entre los restantes 5 equipos, definiendo al clasificado restante. Los dos vencedores de ambas zonas, clasificaban al Torneo Zonal por dos ascensos a la Primera B Nacional.
Los 13 participantes de la Región Sur se dividieron en 2 zonas: Norte y Sur. La Zona Norte, se dividió 2 grupos de 4 equipos cada una, implementando el sistema de eliminación todos contra todos. En tanto que para la Zona Sur, se implementó el sistema de llaves de eliminación directa, entre los 5 equipos restantes. Estuvo conformado por equipos de las provincias de La Pampa, Neuquén, Río Negro, Sur de Buenos Aires, Chubut, Santa Cruz y Tierra del Fuego.
↑Partido suspendido a los 72' (27' ST). No continuó
↑Los equipos que figuran en la parte superior de cada llave, disputaron el partido de ida en condición de local.
↑Los resultados entre paréntesis corresponden a definiciones por tiros desde el punto penal.
↑Partido suspendido a los 63' (18' ST) con marcador 3-1 favorable a Estrella Azul. Finalmente el Consejo Federal dio por terminado el partido, dando como ganador a Estrella Sur por 1-0